凍干機(jī)干燥過程對(duì)水分的控制是保證凍干制劑質(zhì)量的關(guān)鍵，說到水分控制我們必須先引入玻璃態(tài)轉(zhuǎn)化溫度（Tg）的概念，有些液體非晶態(tài)物料在被冷卻固化過程中不經(jīng)過相變，而是連續(xù)地固化成玻璃體，這個(gè)過程稱為玻璃化轉(zhuǎn)變，所對(duì)應(yīng)的溫度稱為Tg。當(dāng)物料到達(dá)這一溫度時(shí)，很小的溫度就可能引起冷凍濃縮液黏度的顯著增加，同時(shí)冰的結(jié)晶停止。無論是第一、第二干燥階段還是貯存中的制劑溫度都必須控制在Tg以下，否則冷凍濃縮液將會(huì)發(fā)生流動(dòng)，破壞了冷凍建立起來的微細(xì)結(jié)構(gòu)，就會(huì)發(fā)生塌陷。對(duì)于凍干制劑藥品水分含量的控制，水分含量越低，其Tg越高，藥品越能長(zhǎng)期穩(wěn)定地儲(chǔ)存，通常凍干制劑的水分含量要求控制在1％～3％之間，以保持穩(wěn)定。用動(dòng)力學(xué)方程計(jì)算可以選擇凍干終產(chǎn)品更合適的水分含量，既能滿足藥品在保存期穩(wěn)定的要求．又避免在生產(chǎn)中因過度干燥而引起能源浪費(fèi)。另外，有研究表明瓶子的膠塞氯丁基橡膠塞要比溴丁基橡膠塞對(duì)水分的透過率高，故除了要選擇適宜的濕度環(huán)境保存，也要選擇合適的包裝材料。
凍干制劑在一次干燥后往往都要進(jìn)行二次干燥，二次干燥又叫解析干燥，主要干燥一次干燥殘留的一些未被凍結(jié)的吸附水和結(jié)合水，這些靠升華無法去除的水分要靠蒸發(fā)來去除，這部分水分一定量時(shí)會(huì)為微生物生長(zhǎng)和某些化學(xué)反應(yīng)的進(jìn)行提供了條件，所以必須得到去除。最終凍干制劑含水量偏高主要原因 1）解析干燥時(shí)間太短，干燥溫度太低；2）干燥層和瓶塞的流動(dòng)阻力太大，半壓塞太深，水蒸氣不易析出。3）裝量太厚，一般是10-15mm，不宜超過15mm。4）產(chǎn)品貯存期間，水蒸氣通過瓶塞等包裝不密封處進(jìn)入。
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