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實驗室凍干機的板層雖然不能降溫，但有些板層中有電加熱器和溫度探頭，可以控制板層的加熱溫度，還有些實驗室凍干機帶有一個產品溫度探頭，可以像生產型凍干機那樣控制溫度。但也有些實驗室凍干機的板層是不能加熱的，溫度的控制全靠室溫，可以在鐘罩或燒瓶外部套上保溫材料來減少外界熱量的侵入，也可以去掉保溫用風扇或合適功率的燈泡來增加熱量的傳入。
燒瓶在升華中由于吸收熱量，燒瓶的外壁會結霜或結露，這是正常現象，如果在干燥后期不結霜或不結露了，說明產品升華已接近結束。
當看到所有產品的凍結冰干完之后再保持2小時左右的時間，可以進入解吸干燥階段，可以加熱的實驗室凍干機把板層溫度升高到最高許可溫度，不能加熱的實驗室凍干機則靠調節(jié)鐘罩周圍的室溫來加熱，根據產品的種類和裝量來決定解吸干燥的時間長短，待凍干結束之后進行產品的密封工作。
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